Nach dem Agathodaimon bereits 1995 von Martin „Sathonys“ Wickler and Matthias Rodig gegründet wurden und schnell die ursprüngliche Besetzung gefunden werden konnte, haben sie in den beiden Folgejahren zwei Demos (Carpe Noctem / Near Dark) veröffentlicht, die sehr gut von der Szene angenommen wurden.

Zwischen 1998 und 2013 wurden dann insgesamt 6 Alben unter dem Label von Nucelar Blast veröffentlicht. Dabei wurden Einflüsse des klassischen Black Metal, Melodic Death Metal und auch Symphonic Metal vereint, wodurch ihre Musik aggressiv und roh blieb, jedoch zunehmend komplexer und atmosphärischer wurde. Epische Keyboard-Sounds und orchestrale Arrangements, erhielten einen prominenten Platz, was zu einer eleganten, gleichzeitig kraftvollen Mischung führte, die Agathodaimon in der Szene einzigartig machte.

In dieser Zeit war die Band sowohl auf eigenen Headliner Touren, als Support von bekannten Acts (Benediction, Hypocrisy, Children of Bodom, Cradle of Filth,...) und auch auf großen Festivals (Wacken Open Air, WGT, Summer Breeze, Brutal Assault) zu sehen.

2014 hat Sathonys das Projekt dann auf Grund von familiären Verpflichtungen und daraus resultierender Zeitprobleme auf Eis gelegt, dies sollte aber nur ein paar Jahre so bleiben.

Seit 2020 ist Agathodaimon wieder aktiv und bei Napalm Records unter Vertrag und nach einer kurzen Verzögerung durch die Corona Pandemie wurde 2022 dann auch ihr siebtes und aktuelles Studioalbum The Seven veröffentlicht.